布達佩斯有记载的历史开始于罗马帝国89年建立的的一个城堡阿昆库姆以及它北部产生的居民区，这个居民区位于今天的旧布达。当时当地的居民主要是凯尔特人。从106年开始一直到4世纪阿昆库姆是潘诺尼亚省的省会，它位于潘诺尼亚的自然边界多瑙河上。其城堡对于罗马帝国来说有重要的地位，因此自然成为总督的驻地。107年哈德良开始在这里建造总督宫殿。
圣伊什特万
今天的佩斯城成为了Contra Aquincum（或Trans Aquincum）的所在地。
罗马帝国没落后从东部来的游牧民族进入此地。4世纪末他们到达潘诺尼亚。农村和部分罗马城市被这些好战的部落摧毁。896年马扎尔人在此定居，形势才开始缓和下来。他们在整个潘诺尼亚定居，包括老布达地区。他们被基督化后定居于围绕着教堂的村庄中，从事农业和畜牧业。作为交通枢纽佩斯获得越来越大的重要性。佩斯的名字来自于斯拉夫语中的peć'或pešt'，意思是“炉子”，可能因为当地有许多温泉或者因为上帝有许多烧石灰的窑炉。佩斯与布达之间的渡船交通非常繁忙。伊什特万一世加冕为匈牙利第一位国王之後，整个地区的政治形势也获得巩固。1241年蒙古帝国的第二次西征在速不台率領下在蒂薩河之戰中大敗匈牙利國王貝拉四世的主力大軍，蒙古軍進城燒殺掠奪，几乎完全摧毁了布達和佩斯兩城，貝拉四世為躲蒙古人追殺隻身逃出皇宫前往了維也納。後蒙古人撤離布達和佩斯民眾才返回重建城市。1308年匈牙利国王将其驻地移到维榭格拉德，1361年佩斯成为匈牙利首都。1514年附近地区爆发农民暴动。
从1446年开始奥斯曼帝国不断向匈牙利进攻，匈牙利大多数地区被毁。1526年佩斯被奥斯曼帝国占领，15年后受到城堡保护的布达也失陷。未被占领的匈牙利的首都从1536年至1784年是今天的布拉迪斯拉发。布达成为奥斯曼总督的驻地，佩斯则完全失去了重要性，大多数居民也从那里搬走了。
从1526年开始奧地利哈布斯堡王朝获得了匈牙利国王的位置，自此匈牙利成為奧地利一部份。哈布斯堡王朝在大土耳其戰爭後终于战胜了奥斯曼帝国恢復了匈牙利王國。但是布达与佩斯的处境并没有任何变化，统治它们的依然是外族人，而且它们的居民依然必须负很高的税。市内爆发市民暴动，但是被镇压。1723年佩斯成为王国政府的驻地。1838年佩斯发大水，七万人丧生。虽然如此佩斯依然是18世纪和19世纪发展最快的城市。到1800年，佩斯的人口在一个世纪里增长了20倍，达到600,000人。1780年奧地利哈布斯堡王朝设定德语为官方语言，试图以此来控制当地不断爆发的暴动。同时他们从神圣羅馬帝國向匈牙利移民。佩斯城内大多数居民是德国人。由于布达和佩斯市内有各种民族的人生活，而每个民族对这两座城市都有自己的名字，因此布达佩斯今天在许多语言中均有自己的名字。
布达与佩斯发展迅速的原因之一是因为两座城市之间在夏季有一座鐵鏈橋相联。1839年至1849年两城之间在匈牙利改革家塞切尼·伊什特万的建议下建成了第一座正式的桥梁。今天这座桥以塞切尼·伊什特万命名，是布达佩斯市内跨越多瑙河的九座桥中最著名的一座。当时它是多瑙河上雷根斯堡下游的第一座桥。
在1848年革命中布达佩斯是动乱最大的城市之一。匈牙利人试图推翻统治了150多年的奧地利哈布斯堡王朝，革命使第二任奧地利皇帝斐迪南一世退位。在俄罗斯帝國的帮助下奥地利帝國血腥镇压了这次暴动，但是这个事件后来间接地导致了1867年奥匈帝国的成立。匈牙利基本上获得自治。奥匈帝国開國皇帝、繼任其伯父斐迪南的新奧皇弗朗茨·约瑟夫一世在布达佩斯象征性地待了数周。当时他住在布达宫中，与匈牙利的部长和议会一起管理事务，说匈牙利语，穿匈牙利军装。
1849年革命政府就已经将布达、佩斯和老布达合并为一个城市了。但是哈布斯堡王朝恢复了它的统治后又将这个合并取消了。直到1872年两城才正式合并。此前两座城市就已经开始合作讨论建筑和城市规划的问题了。
1896年匈牙利庆祝马扎尔人定居1,000周年，市内修建了许多大型的工程，比如英雄广场以及欧洲大陆上的第一座地铁。从1840年到1900年居民数翻了七倍，达到730,000人。
进入20世纪，郊区人口增长迅速，大量国家工业向城市聚集。
第一次世界大战奥匈帝国战败，匈牙利本身有许多人丧生，1918年奥匈帝国分裂，匈牙利独立，但是同时按照特里亞農條約匈牙利本身也几乎丧失了3/4的地方。对于布达佩斯来说这只是一个短暂的打击。
1919年库恩·贝拉在布达佩斯建立了匈牙利苏维埃共和国。战争部长霍爾西则在塞格组织了一个保守反政府，此時匈牙利-羅馬尼亞戰爭仍然繼續，7月29日羅馬尼亞王國軍隊橫渡蒂薩河，最終布達佩斯於8月3日被羅馬尼亞佔領，蘇維埃政府滅亡。最后反政府获胜，1919年11月16日霍爾西率先带领他的军队进入布达佩斯。由于当时匈牙利依然是一个王国，但是没有国王，因此霍爾西自任为执政，但羅馬尼亞軍隊仍然佔領著匈牙利東部包括布達佩斯，他們1920年2月才撤出布達佩斯，1921年完全撤出匈牙利。
到1930年，布達佩斯有一百万长住居民和四十万郊区居民。
在第二次世界大战期间，由霍爾蒂執政的匈牙利王國簽署加入德意日軸心國，期間匈牙利獲得了羅馬尼亞的北特蘭西瓦尼亞，1944年蘇联反攻德國，匈牙利箭十字党发动政变，拘捕了霍爾蒂，使纳粹德国進駐匈牙利布達佩斯，並扶植親德的匈牙利政府，当地仍有50万犹太居民，即大约有三分之一死于親德匈牙利政府的大屠杀。1944年布达佩斯也遭到盟军轰炸的破坏。最严重的是从1944年12月末到1945年2月初的为期102天的布達佩斯圍城戰的包圍以及被包围的德国和匈牙利军队的破坏。在退入布达时德国和匈牙利军队炸毁了多瑙河上所有的桥。在整个围城过程中38000市民丧生，最终苏联攻佔布達佩斯。
1946年匈牙利成为共和国；在前蘇聯的策動下；1949年的共產政權推翻了原來的共和國政府，改称为人民共和国。1950年，布达佩斯大大扩展了范围。到20世纪五六十年代城市得到了恢复，成为共产主义政府政策的显示窗；但1956年匈牙利十月事件被血腥镇压后在匈牙利全国发生了清洗。
1980年代开始，布達佩斯和整个匈牙利一样，因生育率降低和人口移民而缩小。
1989年10月23日布达佩斯宣布匈牙利成为共和国，这是社会主义阵营分裂的开始。2000年匈牙利庆祝建国1000年。布达佩斯市内因此作了许多建设，包括建立公园和文化中心。工业大学的校园被现代化。2004年5月1日匈牙利加入欧洲联盟，首都布达佩斯为此举办庆祝。
人口历史
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布达佩斯城市规划时匈牙利比今天的匈牙利大很多，1920年在特里亞農條約中匈牙利丧失了3/5的人口。因此它的整个规划相对于实际的城市来要大许多。
人口图表
1800：54,200人
1830：102,700人
1850：178,000人
1880：370,800人
1900：733,400人
1925：957,800人
1990：2,016,100人
2003：1,719,343人